当谈到鼻窦手术时，目前几乎所有的手术都通过鼻腔使用内窥镜来协助手术。使用内窥镜辅助鼻窦手术，已经普遍使用了不少于30年，设备和技术一直在发展，如今除了用于鼻窦手术外，还广泛用于其他多个临近器官的手术，例如修复堵塞的下泪管、眼球突出手术、减轻对视神经的压力、修复脑脊液漏入鼻窦 – 鼻窦、垂体腺瘤手术以及前颅底肿瘤手术等。
何时需要进行鼻窦手术
1) 必须手术的情况 包括：
- 患有鼻窦炎并由此引发并发症的情况，这有两种，一是感染蔓延到眼睛，二是感染蔓延到大脑
- 怀疑为肿瘤
- 因真菌引起的鼻窦炎
- 鼻窦开口堵塞，导致鼻窦中的黏液逐渐增多
2) 应该考虑手术的情况 指的是不像第1点那样必须手术，但手术可作为一种选择并可能带来更大益处的情形，包括：
- 经历了慢性或急性反复发作的鼻窦炎，或已使用适当药物无效的鼻息肉（药物使用期限根据疾病严重程度，一般为1 – 3个月）
手术方法
通常使用全麻，并通过鼻孔插入内窥镜到达手术区域，然后插入手术工具进行手术。目前，为了便于手术，已开发了许多新的手术工具，这些工具可以精确切除需要移除的病变组织，同时尽量减少对健康组织的影响，从而减少出血，手术完成后无需在鼻内放置较多止血材料，术后疼痛较轻，可以更好地通过鼻子呼吸，手术效果也比以往好很多。
手术类型
手术有多种类型，从最小到最大分别是：
- Balloon Sinuplasty
- 最小侵入性鼻窦技术
- 功能性鼻内镜鼻窦手术 (FESS)
- 全面FESS
哪种手术更好
选择哪种鼻窦手术以及需要手术的鼻窦部分，取决于每个患者的具体情况。鼻窦是有用的器官，自然通过鼻子内部的结构防止鼻窦直接接触到鼻腔。鼻窦手术是为了扩大鼻窦的开口，直接将鼻窦的黏液通道与鼻腔连通，使得鼻窦中的黏液更容易通过鼻子排出，或者在冲洗鼻子时，盐水也可以进入鼻窦。如果水中有药物，药物也可以更好地到达粘膜表面。
但另一方面，当鼻子里有什么东西时，它也更容易进入鼻窦中，比如感冒（鼻炎是由病毒引起的）时，也可能引起更严重的鼻窦炎。如果进行大范围开放手术如全面FESS，所有5个鼻窦会与鼻腔连成一个大通道。
因此，手术必须有明确的指示，如前所述，有明确指示进行手术意味着已有广泛研究表明手术是必须的或比不进行手术更有益。在进行鼻窦手术时，只会考虑需要手术的部分，避免对不必要部分进行手术。每个患者的疾病原因和手术目的不同，所以手术方法可能也不完全相同。
医生会建议或选择最适合的手术方法，取决于鼻窦炎的类型，选择哪种手术方式能获得最好的效果，并尽量减少对其余鼻窦的影响。
手术做得少可能病情没有改善，许多病例进行的是轻度手术，存在粘液较稠或医学术语中称为mucin的情况，或粘膜上有较多的炎症细胞（高组织嗜酸性粒细胞），导致粘液排出不畅，用水和药物混合的盐水冲洗也无法好好进入鼻窦，造成手术效果不佳。而手术范围过大，如前所述，也不好，并且可能不必要地增加手术风险。
手术风险
鉴于鼻窦靠近眼球、大脑、视神经和供应大脑的主要动脉，手术有可能损害这些器官。从一般数据来看，损伤眼球和脑脊液漏的风险约为1%，损伤视神经和供应大脑的主要动脉的风险约为0.1%。目前有一种称为导航器的仪器可以使手术效果更好，减少手术风险。
手术后可以完全康复吗
手术结果不仅取决于手术执行的好坏，更重要的是取决于引起鼻窦炎的原因或病因。一些原因的治疗效果几乎是100%，如由真菌球引起的鼻窦炎，但某些原因需要术后同时使用药物才能获得良好效果，如由真菌过敏或粘膜中嗜酸性粒细胞增多引起的鼻窦炎。一些原因的治疗效果不佳，如由纤毛（cilia）功能异常或基因问题导致黏液过稠等。
